常温
一般常温状态下新鲜的莲子置于阴凉通风处可以保存5天左右，同时注意要避免阳光直射，但是要注意这种保存方法只合适带莲蓬没有剥出来的莲子保存，若是已经莲子已经从莲蓬里剥出来的话，那么就不适合这种方法了，因为其中的水分会很容易流失，保存一段时间后莲子会迅速干瘪，口感也会变差。
冷藏
将新鲜的莲子置于保鲜袋中然后放进冰箱冷藏保存，这样可以保存7~10天，冰箱冷冻层温度比较低，可以大大延长新鲜莲子的保存时间，但是还是要尽快食用完。
冷冻
新鲜的莲子还可以置于冰箱冷冻层保存，一般可以保存3个月左右，吃之前放在常温下解冻即可，但是保存时间越长，莲子中的组织被破坏的越严重，口感也越差。