宝宝出生后，身体各器官的构造与功能尚未发展成熟，面对同样的感染或是刺激，相对需要经历较辛苦的病程，以下5点为婴幼儿常见的咳嗽原因：
病菌感染
不同病毒感染会有不同的症状，常见的病征，像是咳嗽、鼻塞、喉咙痛、气管发炎、发烧、痰液聚积，甚至因婴幼儿气管及肺部发育尚未健全，而演变为细支气管炎、哮吼症、气喘等。
呼吸道感染后，气管或喉咙发炎，会进一步造成局部肿胀或分泌物增加与堆积，影响呼吸系统的通畅度，因此，基于刺激物增加与为保呼吸畅通，咳嗽便会加剧。除此之外，百日咳也是出生未满3～4个月的婴儿，较容易感染的疾病，他表示，因为宝宝6个月大前，尚未完成疫苗接种，所以对百日咳仍未有足够的抵抗力，因此容易受到感染。
胃食道逆流
「浅胃容易溢奶」其实也是「胃食道逆流」的原因之一，因为宝宝胃部及食道尚未发育完全，因此，喝完奶之后，较容易发生胃排空延迟、食道收缩强度不足或贲门压力减低等因素，而造成食物逆流的情况，当喉咙受到奶水逆流刺激，甚至不慎呛入气管，都会引发咳嗽。
过敏体质
过敏物质的来源相当广泛，例如：潮湿、特定食物、尘螨、蟑螂、宠物披毛、病毒、冷空气，甚至空气品质不好，都可能引发咳嗽，例如：宝宝遇到冷空气时，常咳嗽或打喷嚏。过敏性咳嗽多为持续、反复发作的咳嗽，多于半夜或早晨起床时较明显，而且夜晚会咳得比白天严重。
先天喉头发育异常
先天喉头发育异常，主要是气管结构问题、血管压迫或喉头软化等因素刺激咳嗽反应。通常天生结构异常问题，多在新生儿时期就会表现出来，也因此会及时被发现，并进一步检查与治疗。
异物吸入
近八成的异物吸入是卡在支气管，典型症状为突如其来的剧咳、呼吸困难、易喘；当卡在喉头或气管，会出现咳嗽、吞咽困难、喉头疼痛、呼吸困难等。吸入的异物可能立即危害宝宝的生命，但也可能因为异物非常微小，仅附着在呼吸道里造成慢性咳嗽。