甘草药性虽平，但也有其配伍禁忌，如以下情况下就不适合加甘草：
1、藻戟遂芫俱战草
根据中药“十八反”的说法，甘草反甘遂、京大戟、红大戟、海藻、芫花，也就是说甘草是不能搭配上述五种药材的，否则会危害健康。清代名医徐灵胎说：“误用致害，虽甘草、人参亦毒药之类也。”
2、湿病忌用甘草
《汤液本草》明确指出：“甘者若令人中满，中满者勿食甘，甘缓而壅气，非中满者所宜。”查《伤寒论》、《金匮要略》中，凡因湿所致的呕恶、痰饮、中满、水肿等皆不用甘草，例如攻逐水饮的五苓散等。
3、急证少用甘草
历代医家公认甘味药性缓而善守，甘草为甘味药之代表，其甘缓柔润之性，决定了它在急证运用中的局限性。以《伤寒论》为例，阳明急下三证、少阴急下三证，都用不含甘草的大承气汤，意在避其甘缓，急下以存阴。
4、肾病慎用甘草
《素问·生气通天论》说：“味过于甘，心气喘满，色黑，肾气不衡。”《灵枢·五味》篇提出：“肾病禁甘。”仲景宗此训，创制温补肾阳的肾气丸即不用甘草，后世医家据此而衍化的肾病诸方，如济生肾气丸、右归丸、左归丸、钱乙的六味地黄丸等都未用甘草。
现代药理研究发现，甘草主要含甘草甜素，甘草甜素具有肾上腺皮质激素样作用，能够促进水、钠潴溜和排钾增加，长期大量应用甘草，会出现水肿、血压增高、血钾降低、四肢无力等假醛固酮症，因此肾病不适合用甘草的。