1. 交易标的不同。新三板是纯粹的股权交易平台，交易标的是中关村科技园去非上市股份有限公司的股权；产权交易所则没有区分资产与股权的概念，交易标的包含股权，也涉及知识产权、技术产权、金融业产权等企业资产。所以严格意义来讲，产权交易所并不能被视为我国的证券市场的一部分，目前只能归其“场外交易市场”。
2. 挂牌公司不同。新三板的挂牌公司一定是符合条件的非上市股份有限公司，产权交易所的交易主体并无此要求，股份公司、有限公司、甚至拥有经营性国有资产的事业单位，都可以成为交易主体。
3. 管理机构不同。新三板目前由中国证券业协会监管；产权交易所的监管单位为各地方的国有资产管理部门。
4. 交易制度不同。新三板的交易制度是按照“证券公司代办股份报价转让制度”，即由买卖双方在协商议价后，再通过证券公司的委托报价和深圳证券交易所的清算交割平台完成交易；产权交易所实际上只是一个由国有资产主管机构监管的交易所，并不存在交易系统，也不需要线上交易，只需要在监管部门的督导下完成产权交易即可。
5. 交易监管规则不同。新三板的监管规则在挂牌公司治理结构、信息披露、财务数据等方面都比照了上市公司的要求，只是在具体标准上有所降低;产权交易所的监管规则由各地主管部门制定，通常没有太多限制，只是对国有资产的转让有严格的评估标准和评估程序。