北京现代ix35一共使用了三种变速箱，分别是7速双离合变速箱、6速手动变速箱、6速手自一体变速箱。双离合变速箱和手自一体变速箱都是比较常见的自动变速箱。
双离合变速箱的结构与手动变速箱差不多，这种变速箱其实是基于手动变速箱研发的。现代ix35车型搭载的是第二代6速手自一体的变速箱，是现代集团自己旗下的派沃泰变速箱。发动机和变速箱的匹配完善度非常高。派沃泰也是除了采埃孚和爱信外，第三个有能力生产成熟8AT的变速箱公司，所以其实力可见一斑。在升降档方面都非常积极，而且平顺性不错，顿挫感基本感觉不到。
双离合变速箱相对于传统的手动变速箱来说，换挡时间更短，动力传递损失更低。在新一代的双离合变速箱中，解决了以前双离合变速箱过热而导致容易换挡失误的问题，耐热性加强了。而且双离合变速箱比较轻，可以减轻发动机舱内的重量，提供更好的驾驶操作性。速度提升得快，动力传递损失小。