1. 贷款对象不同。住房公积金贷款的对象为缴存住房公积金的职工;商业贷款属于个人住房贷款，面向所有人群。
2. 贷款利率不同。住房公积金贷款5年以上房贷利率大约是3.25%，具体以实际为准;商业贷款5年以上基准利率大约是4.9%，具体以贷款银行的房贷利率为标准。
3. 贷款比例不同。首套房纯住房公积金贷款的比例几乎都是8成，即首付20%;很多“限购”城市首套房商业贷款的比例是7成，即首付30%，至少也是首付25%，“不限购”城市的首套房商业贷款的比例是8成。二套房的贷款政策，商业贷款的限制比住房公积金贷款多很多。
4. 贷款流程和审批时间不同。住房公积金贷款一般是在办理过户之后审核贷款，审批时间大约是40个工作日，并且需要通过住房公积金管理中心审批，决定权在住房公积金管理中心，银行只是执行机构;商业贷款一般是在购房者办理过户之前审核贷款，审批时间大约是20个工作日，主要审核机构是银行，即决定权在银行。