一般来说金刚菩提是不建议用牙刷刷洗的，由于牙刷很小，不能有效的清洁深层里的污垢和杂质。最好在平时用猪毛刷或者钢丝刷刷洗，刷洗前先将其放在温热水中浸泡几个小时，这样能达到很好的清洁效果，还能有助于上色。
金刚菩提不建议用牙刷刷在清洗金刚菩提的时候，也要选择合理的刷子，一般来说金刚菩提是可以用刷的，但是不建议常用，若是只是清理表层上的污垢是可以用牙刷刷的，但牙刷很小，不能有效的清洁内部中的污垢，这样起不到很好的清洁效果。
由于天然的金刚菩提是植物的种子，有些新籽上可能还带有一些果肉或者其它杂质，而金刚菩提表面上的纹路很深且不均匀，一般是采用猪毛刷或者钢丝刷刷洗，或者用钩针将里面的污垢清理出来，这样清洁的效果会更好。
由于钢丝刷的质地比较坚硬且细密，它能将最深处的渣滓清理出来，最好刷之前将其放在温热水中浸泡几个小时，以软化里面的杂质，再用钢丝刷仔细清洗每个部位，之后用猪毛刷重新干刷几次即可。