正确使用并无危害，但如有以下错误做法则可能产生相应的危害，如：
1. 用非食品级的塑料制品加热食物，会溶解出对人有害的物质，经食物进入人体，对健康不利。
2. 微波炉不能用来加热一些带有膜壳或外皮的食物，比如鸡蛋、板栗等，否则鸡蛋在微波炉中加热时，由于外壳和内膜的阻碍，会导致内部水蒸气无法释放到外界。水蒸气越积越多的情况下，鸡蛋内部会因压力过大，发生爆炸，如果想要加热带外皮或膜壳的食物，需要打破或剥掉外壳，才能放入微波炉中。
3. 不要超时加热，食品放入微波炉解冻或加热，若忘记取出，一般时间超过2小时，则应丢掉不要，以免引起食物中毒。