引起味觉减退
辣椒对口腔黏膜及味蕾的刺激尤为突出，适量吃辣椒有增加食欲的作用，但是过多的吃辣椒可引起味觉减退。
损伤肝细胞
辣椒一旦从肠道吸收到血液中，即可运输到肝脏储藏，称为有益的抗癌物质。但是如果进食过多的辣椒，过量的辣椒素在肝脏亦可破坏肝细胞，打乱细胞内的生化过程，变为吸收游离基的成分，而部分游离基正是致癌的原因。
容易得胃病
辣椒的碱成分可直接刺激胃黏膜及溃疡面，加重胃内局部的血管发生充血扩张，若激惹神经末梢还会产生胃痛，有时还会引起胃出血。长期大量食用辣椒，可引起慢性胃炎，并会影响肠道对营养素的正常吸收
引起腹痛腹泻
辣椒所含有的刺激性成分进入肠胃后对胃肠粘膜的刺激性很大，过多的食用辣椒，可引起胃肠粘膜过度充血，胃肠蠕动加速而产生腹痛、腹泻。
容易上火
辣椒属于辛热之物，吃得太多会使热毒在体内积蓄，表现为皮肤痤疮、口舌生疮、牙痛出血等。