1. 外形不同：马克笔笔头和笔杆则为扁的方形，也是由笔杆、笔芯、笔尖三部分构成;水彩笔笔头和笔杆均为圆形，由笔杆、笔芯、笔尖三部分构成。
2. 种类不同：马克笔分为油性马克笔和水性马克笔两种。油性马克笔多用于一次性的快速绘图，干的很快，耐水、耐干。虽然不能溶于水，但是能溶于酒精，如果笔干掉了，在笔芯里加入点酒精又可以接着用一段时间。水性马克笔色彩明亮，能够溶于水，干了往笔芯内加点水也还能接着用一段时间。水彩笔有单色水彩笔、双色水彩笔和多色水彩笔。单色水彩笔只有颜色的区别，有12色、24色、36色等色号。双色水彩笔书写起来有2种颜色。多色水彩笔是由多种颜色的笔芯合在一起做成一个笔头，常用于美工作画。
3. 用途不同：水彩笔水分足，色彩丰富，鲜艳，但是水分不均匀，过渡不自然，两色在一起不好调和，所以一般适合画儿童画;马克笔的水分均匀，色彩对比弱一些，2种色彩可以很好的协调，可以画建筑效果图，工业设计效果图，以及POP广告等等。
4. 价格不同：马克笔的价格要高于水彩笔的价格。