我国拥有海洋生态系统有滨海湿地生态系统、珊瑚礁生态系统、上升流生态系统和深海生态系统。
1. 滨海湿地生态系统：按国际湿地公约的定义，滨海湿地的下限为海平面以下6米处（习惯上常把下限定在大型海藻的生长区外缘），上限为大潮线之上与内河流域相连的淡水，或半咸水湖沼以及海水上溯未能抵达的入海河的河段。
2. 上升流生态系统：在上升流海域由特定的生物及周围的环境构成，食物链较短、生产力很高的生态系统。
3. 珊瑚礁生态系统：珊瑚礁被称为海洋中的“热带雨林”是海洋生态系统的重要组成部分。它以不到海底的千分之二的覆盖面积，为近30%的海洋鱼类提供了生活的家园。
4. 深海生态系统：深海中缺乏阳光，静水压力大，形成黑暗、低温和高压的环境。由于不能进行光合作用，深海生态系统中没有光合作用的植物，没有植食性动物，只有碎食性和肉食性动物、异养微生物和少量滤食性动物。人类已发现的深海生态系统包括：深海海山生态系统、深海化能合成生态系统、深渊生态系统、海底火山生态系统和海底湖泊生态系统等。