1. 秸秆主要成分为纤维素、半纤维素及及糖类。焚烧秸秆一是造成秸秆资源浪费，秸秆除了作为燃料、饲料、肥料外，还可用于食用菌种植、造纸和生产新型墙体材料。
2. 焚烧秸秆污染大气环境。会产生大量一氧化碳、二氧化碳、二氧化硫等污染物质。
3. 焚烧秸秆会诱发火灾，有可能造成巨大经济损失。
4. 焚烧秸秆使土壤表面温度增高，会烧死大量的土壤微生物，土壤水分也会损失百分之六十五到百分之八十，使土壤板结不耐旱，吸水保墒能力大幅度下降。
5. 露天焚烧秸秆带来的最突出的问题就是焚烧过程中产生滚滚浓烟，直接影响民航、铁路、高速公路的正常运营，对交通安全构成潜在威胁。