微波对营养价值几乎没有影响。
每种烹调方法都会损坏食品中的维生素和其他营养物质，决定损坏程度是食物烹饪的时间、使用了多少液体和烹饪的温度。 在康奈尔大学进行的研究中，科学家们研究了烹饪方法对蔬菜中对热最敏感的营养物质水溶性维生素的影响，如通常存在于蔬菜中的B族维生素和维生素C， 他们发现，用微波炉烹煮的菠菜几乎能保留所有的叶酸，但如果用普通炉灶，则会损失约百分之七十七。他们同时还惊讶地发现，用微波炉烹饪的培根腌肉与普通方法烹饪的相比，其中含有的致癌物亚硝胺水平显著降低。至于蔬菜，如果用微波炉烹饪只存在一个问题，那便是如果加了水，就会大大加快营养物质的流失。