西瓜打枝可以采用锋利的修剪刀进行整枝，伤口小而平整，易收口，同时修剪部位应留有3—5cm长的基部，以防止伤口腐烂影响到主蔓。另外，边打枝边对剪刀等工具进行消毒，每修剪一次，把修剪刀在配制的高浓度杀菌药液中浸沾一次进行消毒，减少病菌传染侵入。
注意事项：
西瓜秧蔓长至一米长时铺一层麦杆固定瓜蔓，防止烂果和机械损伤；随时打掉新长出的子蔓，保留子蔓上长出的孙蔓即可；打枝操作要早，早摘除非结果蔓的芽，伤口小而愈合快，减少病菌侵入机会；修剪下来的残枝，特别是病叶、老叶，应随时带出瓜田，避免留在瓜田腐烂传播病菌。
西瓜座果后果实已成为养分的分配中心，植株长势趋向缓和，座瓜后长出的枝叶光合作用可供应果实生长和营养积累，因此座瓜后不再整枝。