自由职业缴纳的公积金和在公司缴纳的公积金在福利待遇上是没有区别的，但是在缴纳时还是有一定差异的。
区别一：
个人自主缴存公积金只在某些地区可以，许多地区住房公积金管理中心还没出具个人自主缴存公积金政策；而单位缴存公积金具有普适性。
区别二：
单位缴存公积金是职工和单位各按一定比例缴存的住房储金，缴存基数是职工上一年度（自然年度）月平均工资，职工个人缴存的住房公积金以及单位为其缴存的住房公积金，实行专户存储，归职工个人所有；而个人自主缴存公积金需要自己按一定比例缴存。
区别三：
个人自主缴存公积金需要自己去缴存地住房公积金管理中心缴纳；而单位缴存公积金会有公司专门的经办人去公司当地住房公积金管理中心缴纳。