这两种是完全不同的东西，益生菌是有益细菌的活菌制剂，从而被人体摄入体内以后，补充人体肠道，缺少或者不足的正常菌群，从而调节肠道的功能，和生理期生理变化，而益生元是一种膳食的补充剂，益生元本身并不含有益生菌或细菌成分，主要通过肠道所不能吸收的有效成分，而这些成分能够被肠道的某些细菌所利用，从而促进肠道内有益菌生长，抑制有害菌的生长，从而达到调节肠道菌群的目的。
因此益生菌和益生元在本质上，并不是同一类的药物，但是两者可以相辅相成、联合使用，而益生元目前主要属于保健用品，保健用品并不属于药品行列，而益生菌属于药品行列，如果长期需要食用，还需要在医生的指导下食用。