裴仁基，字德本，河东郡(今山西永济)人，北周骠骑大将军裴伯凤之孙，上仪同裴定之子 ，隋朝末年将领。
开皇初年，担任隋文帝的侍卫，后来从军参加灭陈朝和攻打吐谷浑、靺鞨的战争。
因所立战功，授任光禄大夫。
大业十三年(616年)，奉命镇压占领洛口的瓦岗军时，受到监察御史萧怀静牵制，被迫投降李密。
武德元年(618年)，建议李密不要和王世充决战，李密不听，致使瓦岗军大败，裴仁基也被王世充俘虏，封为礼部尚书。
武德二年(619年)，王世充称帝后，裴仁基和宇文儒童等谋刺王世充，事情泄露，裴仁基与儿子裴行俨等被杀。