新农合重大疾病报销的比例根据医院等级不同，报销的比例就会有所差异。报销的方式是超过基本医疗最高支付限额以上的医疗费用，医疗费用范围不同，报销的比例也会有不同。
报销比例：
1. 医疗费用在0-4万元以下，报销85%。
2. 医疗费用在4-8万元以下，报销90%。
3. 医疗费用在8元以上，可报销95%。
不同医疗机构报销比例：
1. 门诊统筹乡、村补助比例分别提高到了65%、75%。
2. 一级医疗机构住院费用在400元以下，没有起付线标准。
3. 二级医疗机构补助的比例将会提高到75%—80%。
4. 三级医院机构住院费用补助的比例55%—60%。
5. 省三级医疗机构住院费用，所补助的比例55%。
6. 儿童等8种大病和肺癌等12种大病，新农合的补助病种定额的比例为70%。
所以说，新农合在重大疾病报销比例上，医院等级不同、花费的医疗费用的不同报销的比例都有有差异。