因为豆类含有蛋白酶抑制剂，能够抑制多种蛋白酶对食物蛋白质的分解作用，使蛋白质不能被人体完全吸收，影响蛋白质吸收。如果长期生食豆类食物，则会引起蛋白质营养不良症，表现为皮肤粗糙、弹性差、毛发稀疏、变色，表皮产生有色斑点等症状。
若生吃四季豆和扁豆则会中毒，因为他们含有两种毒素：红细胞凝集素和皂素。它们对胃肠道具有刺激性，可以使人体红细胞发生凝集和溶血。这两种毒素并不可怕，若将其加热至100℃以上，使四季豆彻底煮熟，其毒素将被破坏。但若未烧熟，则不能破坏它们，食用会引起中毒。食用未烧熟的豆浆引起食物中毒的事件也常发生，同样是因为生大豆或生豆浆中含皂甙和胰蛋白酶抑制素等毒素。