微生物在生物界有着重要作用，体现在以下方面：
1. 在生物圈内的物质循环过程中，以异样型微生物为主的分解者，在有机物的矿质化过程中有重要作用。于生产者一起共同推动着生物内的物质循环，使生态系统保持平衡。
2. 由微生物生命活动产生。在氮素循环中、固氮作用、氨化作用、硝化作用、反硝化作用有微生物的活动。在磷和硫的循环中也需要各种微生物的活动。
3. 微生物对人和动物有益。已应用于农业、食品、医药、酿造、化工、制革、石油等行业，发挥重要作用。
4. 自养型微生物如蓝藻对大气中氧气生产有重大作用，与各种动植物形成共生关系，互利互惠的关系。