黄豆芽冻了还能吃的，只不过口感会有变化，不会那么清脆了，所以并不建议豆芽冷冻保存，使用冷藏的方法保存。豆芽放冰箱不宜超过两天，超过两天即不可食用。
由于豆芽含水量很大，保存起来不方便。豆芽保存前，必须要将剩下的豆芽择洗干净，褐变的豆芽都要丢弃，掐掉根须，因为根须上易沾有更多的细菌，如果不丢弃会加速豆芽的腐变。
其次，洗净的豆芽应该装进保险袋中密封保存，尽量排出袋内的空气，才可放入冰箱保存。豆芽于冰箱不宜保存超过两天。不同的豆芽保存的时间长短也不一样的。黄豆芽保存的时间较长，绿豆芽则较短。
豆芽富含维生素C以及膳食纤维的食物、维生素B族、矿物质、氨基酸等营养物质，同时也是素食者的理想食物。