土壤缺硼
硼是植物生长必须的营养元素之一，在白萝卜的生长过程中，如果水肥管理不当就很容易引起硼缺乏症，轻症时的萝卜地上部分也没有明显症状，但是收获后切开萝卜就会看到暗褐色的条斑。这种原因形成的“黑心萝卜”吃了一般没有什么影响，但是不易软化，口感也会很差。
氧化
此种解释和切开的苹果在空气中放置一会儿就会变颜色，虽然还可以吃，但是味道出现了轻微的改变，这可能就是氧化反应；而且萝卜中含有多酚物质，，多酚在碱性（菜刀）条件下会被氧化成蓝色，或者可以说是褐变作用，而且低温是酶促褐变的一个条件，所以冬天切开萝卜也可能是这种情况，导致好好的白萝卜变成了“黑心萝卜”。
黑腐病菌
黑腐病菌存在于许多植物中，最常见的是多肉的黑腐病，这种细菌侵入的方式就可以称之为变质了，那么这样变黑的萝卜肯定是不能再吃了。