蝙蝠通常在洞里过冬。它冬眠时新陈代谢的能力降低，呼吸和心跳每分钟仅有几次，血流减慢，体温降低到与环境温度相一致，但冬眠不深，在冬眠期有时还会排泄和进食，惊醒后能立即恢复正常。
蝙蝠居住在各类大、小山洞，古老建筑物的缝隙、天花板、隔墙以及树洞、山上岩石缝中，而一些南方食果的蝙蝠还隐藏在棕榈、芭蕉树的树叶后面。有些蝙蝠种群上千只在一起，有些蝙蝠雌雄在一起生活，有些则是雌雄分开栖息。许多栖息在树林中的蝙蝠冬季时迁徙到温暖地区，有时要飞过数千里路。温带的穴居蝙蝠都冬眠。蝙蝠每年只繁殖一次，在较早的温暖季节，蝙蝠生产幼仔。