一、提现费用不同。支付宝商家码所收款项提现免费，个人码所收款项提现收费，按照提现金额的0.1%收取。
二、支持的收款方式不同。支付宝商家码支持余额支付、余额宝支付、储蓄卡支付、信用卡支付、花呗支付，个人码支持余额支付、余额宝支付、储蓄卡支付。
三、收款额度不同。支付宝商家码收款无限制额度，个人码收款存在每年20万元的限制额度。
四、权益不同。支付宝商家码商户可以免费获得100万元安全险，个人码收款者需要支付保险费用才能获得资金保障。
自2018年2月10日开始，成功申请商家码的用户，通过商家码二维码、支付宝客户端首页的个人收款的二维码、及其打印码收钱免费，收入的资金，将享受收入资金同等金额的免费提现额度。
如果支付宝商家码选择使用花呗收款和信用卡收款，则会产生新的不同。支付宝商家码花呗收款、信用卡收款，支付宝会收取交易金额0.8%的服务费。由于个人码无此功能，所以个人码没有收款服务费。
用户可以根据实际情况选择商家码或个人码收款。