月饼的馅料通常分为两种：软和硬。软馅包含更多的水，只能存储约7至10天，而硬馅可以存储约1个月。对于盒装月饼，应打开盖子通风。此外，由于月饼含有大量脂肪，因此应远离光线，以防止油脂氧化。
在25°C的温度环境中，带有杏仁和野果等馅料的月饼可以保存约15天；带有心馅的月饼，例如豆沙，莲蓉、枣泥，不应存放超过10天；如果温度超过30°C，则存放月饼。时间也应适当缩短，一般不超过7天；至于鲜肉，鸡丝，火腿等其他月饼，则应购买即食。
存放月饼时，建议不要将它们与其他食品和杂物放在一起，以免产生异味并失去应有的味道和特性。