1. 城乡结构问题：在“十二五”颁布实施首部国家基本公共服务体系五年规划的基础上，基本公共服务已经初步实现了城乡全覆盖。广大农村地区的服务水平与城镇相比，仍有较大差距。
2. 地区结构问题：劳动力和人口等公共服务的对象在向东部地区、城镇特别是大城市流动，但公共服务资源的配置依然在向中西部地区和农村倾斜，一方面新市民不能平等地享有流入地的公共服务，另一方面流出地则出现了服务设施等资源的闲置浪费甚至是废弃。
3. 人群结构问题：当前以常住人口为政策锚定人群的公共服务体系，存在着政策盲区，比如暂住人口，又如实际常住但不进行登记的人口，不能顺畅地享有所在地的公共服务。
4. 供给主体结构问题：政府、企业、社会组织作为公共服务的提供主体，各自的比较优势没有完全发挥出来，通力协作的合作平台也不完善，公共服务的供给方式依然较为落后，与新的形势不相适应，制约服务效率和效果的提高。