治疗急性腹泻
急性腹泻病是婴幼儿常见疾病之一，大多数腹泻患儿存在着肠道菌群紊乱，益生菌能够直接或间接补充肠道正常菌群，纠正菌群失调，通过类似“占位”的方法清除病毒和细菌，增强肠道局部免疫反应。
湿疹、食物过敏的预防和治疗
主要针对因过敏引起的湿疹。目前比较常多用到的有乳酸菌和双歧杆菌，临床研究已证实：益生菌早期干预可以显著降低儿童湿疹等过敏性疾病的发生率。妈妈怀孕后期服用益生菌和(或)产后婴儿早期服用益生菌可降低过敏性湿疹的发生率，而等到宝宝长大以后使用可能就可能越来越差。乳杆菌和双歧杆菌制剂对儿童特应性皮炎有一定的治疗效果，对缓解过敏性鼻炎症状有一定的作用，不过对过敏性哮喘作用就不怎么不明显了~
婴幼儿呼吸道感染的预防
在宝宝免疫系统还不够成熟的时候，很容易发生呼吸道感染。国外临床研究显示，长期(2个月)口服益生菌制剂可以减少婴幼儿呼吸道感染包括流感等的次数，减少抗生素的使用，主要是因为益生菌促进黏膜免疫系统发育成熟和对黏膜免疫系统的起到调节作用。