武汉大学和清华大学同为国家重点大学，在科学研究和教育教学方面各有千秋。
武汉大学是中国教育部直属的副部级全国重点大学，国家首批“双一流”、“985工程”、“211工程”、“2011计划”重点建设高校。截至2015年9月，武汉大学共有5个一级学科被认定为国家重点学科，共覆盖29个二级学科。2013年，在教育部学位与研究生教育发展中心学科评估中，武汉大学4个一级学科排名中国第一，总数排名中国第6位。
清华大学由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”、“世界一流大学和一流学科”，被誉为“红色工程师的摇篮”。截至2017年4月，清华大学共有一级学科国家重点学科21个，二级学科国家重点学科6个。截至2013年，59位清华学子当选为解放前的中央研究院院士，500多位校友当选为两院院士。