水灾属于非正常损失，非正常损失包含自然灾害。
非正常损失是指生产，经营过程中正常损耗外的损失，包括自然灾害损失、因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质、以及其他不是生产经营过程中发生的正常合理损失外的损失。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，非正常损失的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣。《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十一条对此作了进一步解释，条例第十条所称非正常损失，是指生产、经营过程中正常损耗外的损失，包括因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失和其他非正常损失。虽然税法规定非正常损失货物的进项税金不能抵扣，但是会计上对此不同的处理可以对增值税产生一定的影响。