档案商调函和调档函的区别如下：
1. 公司有保管档案的资格，开的是商调函。
2. 人社局下属的人才市场调档案开的是调档函。
3. 平级单位调动档案是调档函，下级单位向上级单位调动档案是商调函。
4. 格式不一样，只有国家事业单位之间调动才用调档函，如果是企业或人才市场之间一般用商调函。
5. 身份不同。有干部身份的开商调函，没有干部身份的开调档函。
两者应该没有实际差别商调函是指没有隶属关系的地区，人力资源的流动有严格的手续，产生于高度计划体制下的人事管理制度、部门或国有单位之间为了人才流动而互致的公文。调档函便是这诸多严格手续中的一道，可能只有国家事业单位之间调动才用调档函，格式不一样。此制度与术语在当前国家机关与事业单位间仍然沿用。