用冰箱保存
洗净并沥干水，放阴凉地2天，保鲜袋挤出空气，放冰箱冷冻室冷藏，温度设为2~8℃。约能保存半年。若设置温度为0℃以下，可以保存两三年。
用地窖保存
鲜百合放地窖里保存，由于地窖空气稀少、温度低，至少可以保存三个月以上。地窖里面的空气稀少，减少了鲜百合的有氧呼吸以及消耗的能量。另外地窖里面的温度较室外要低很多，进一步降低了植物的有氧呼吸作用，两者加起来足以使鲜百合保存很长的时间。
用泥土保存
用塑料袋将百合装好，把塑料里面的空气尽量除尽，然后放进一个坚实的塑料盒子里面。泥土保存其实和地窖保存的道理是相同的，但更加广泛实用一些，适合没有地窖的人。但效果较差，适合保存近一个月。
用水果保鲜剂保存
百合商贩常用水果保鲜剂保存百合，选用对青霉有抑制效果的保鲜剂对百合进行保存。用果蔬专用液体保鲜剂浸泡百合10分钟左右，然后捞出，晾干即可。