农村补办土地使用证的流程是：
1. 找到当地村镇的土地登记部门进行报失申请。
2. 土地登记部门会派人下访去所在地核实房子现状问题。
3. 核实成功后，该土地所有权人在土地登记部门规定的媒体杂志或报刊中刊登土地证书损坏丢失声明。
4. 土地所有权人提交补办申请书、丢失声明文件原件、以及两份复印件、营业执照副本、法人代表身份证明与身份证原件、复印件、委托授权书等，以上资料可以事先询问清楚记录下来。
5. 递交土地管理部门等待领导审批核实，如对声明没有异议，一般会在30日内给到答复，并补发证书。
6. 由于是补发的证书，在证书上会注明“补发”字样。