福州大学硕士研究生专业有数学与计算机科学专业、物理与信息专业、化学化工专业、土木工程专业、机械工程及自动化专业、材料科学与工程专业、生物科学与工程专业、电气工程与自动化专业、环境与资源专业、管理专业、法学专业、人文社会科学专业、公共管理专业专业、外国语专业、软件专业、厦门工艺美术专业、图书馆情报专业。
福州大学于2005年开始以筹建形式成立研究生院，目前在校各类研究生已达到8400多人，是福建省唯一的全国专业学位研究生教育综合改革试点高校和全国工程硕士研究生教育创新院校，2012年12月福州大学研究生院的正式成立，为推动福州大学创业型东南强校建设，在更高起点上推进学位与研究生教育搭建更广阔的平台。