根据营业税条例中规定，对于企业所取得的手续费返还收入严格意义来讲应按服务业中的代理业进行缴纳营业税，只不过因为该笔收入是从税务机关取得因而模糊了征税概念。
代扣代缴对方的营业税，是法定义务，不扣是要挨罚的。举个简单的例子，工程总额30万元，应代扣营业税9000元，则这样做分录:
1. 工程入账:借:在建工程300000贷:应付账款300000
2. 付款时代扣营业税:借:应付账款300000贷:银行存款291000应交税费-应交营业税9000
3. 代缴营业税:借:应交税费-应交营业税9000贷:银行存款9000
税务局要的应该是工程的总价款，以确定应代扣营业税的总额。找到工程预算资料，就能找到总价款了，这个应该是有的。