缺乏全果纤维，易摄取过量
水果或果泥可做为6个月以上婴儿健康饮食的一部分，反观果汁因缺乏全果纤维，宝宝摄取过量除了导致肥胖，有时还会减少奶量摄取，造成营养不良。
爸比妈咪若想给6个月以上未满1岁婴儿喝100%纯果汁，建议，最好先将果汁稀释1倍，从1汤匙开始，循序渐进，待宝宝适应之后再逐渐添加量及浓度。千万不要放在奶瓶中，以避免过度喂食导致肥胖，或影响母乳与配方奶粉的摄入量，造成蛋白质、脂肪、维生素和矿物质摄取不足，导致营养不良。
偏甜口感，提高偏食的机率
对婴儿来说，果汁本身的营养价值远不如母奶或配方奶，甚至会排挤其他副食品的摄取量，市售或是自榨果汁口感均偏甜，一旦婴孩习惯这般偏甜口感后，会影响日后对饮食口味的偏好，未来也许会抗拒「不够甜」的食物，提高偏食发生机率。
除此之外，鲜榨果汁还有杀菌消毒方面的安全疑虑。1岁以下的婴幼儿通常不建议给予未消毒的生食，「自制果汁要做到杀菌并不容易，即便是低温杀菌，也要以摄氏62至65度之间持续30分钟，才能达到杀菌效果。」
市售果汁的风险
市售果汁多半会添加果糖以增加风味，代谢果糖需经过肝脏，但孩子的肝、肾发育尚未完全，不建议摄取果糖，而且，果糖成分为玉米糖浆，大都属于基因改造的食品，对于孩子来说又增加了未知的风险。