公积金贷款与商业贷款的区别如下：
一、贷款利率不同。对于申请者而言，最关系的还属贷款利率。公积金的贷款利率比商业贷款利率低，五年以内公积金贷款利率为4.0%，五年以上是4.5%。而商业贷款利率五年以上贷款利率为6.55，不同银行所执行的贷款利率在这个基准利率之上有所浮动。
二、贷款机构主体不同。住房公积金贷款管理主体是住房公积金管理中心，而商业住房贷款管理主体是各商业银行。
三、贷款的资金来源不同。商业住房贷款资金来源是各商业银行的自营资金（即吸收的居民或单位存款），而住房公积金贷款资金来源是职工个人及所在单位缴存的住房公积金。
法律依据：
《住房公积金管理条例》第二十六条
缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请住房公积金贷款。
住房公积金管理中心应当自受理申请之日起15日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人；准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续。
住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。