1. 法律风险。
由于小产权房只具备了普通商品房的使用性质，而不具备普通商品房的法律性质，其实并不是商品房。因此法律法规对商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，也就无法维护购房者的权益。此外，由于小产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内。
2. 政策风险。
对于在建小产权房，当购房者与开发商签订合同并交付房款后，一旦遇到政府整顿小产权房，那么可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
3. 转让风险。
而农村宅基地属集体所有，村民对宅基地也只有享有使用权，农民将房屋卖给城市居民的买卖行为不能受到法律的认可与保护。也就不能办理土地使用证、房产证、契税证等合法手续。由此可见，小产权房是不能向非本集体成员的第三人转让或出售的。