通常来说金刚菩提用清水泡最好的，但主要以温热的自来水为主，这样能软化里面的果肉和果皮，也比较方便清理。若是用盐水能使金刚快速的变红，但会影响原有的盘玩价值，同时每次泡洗后要及时将水分擦干。
金刚菩提用清水泡最好在清洗金刚菩提的时候，最好是用清水浸泡，不宜加入任何的化学清洁剂，由于金刚菩提内部结构的化学性质不是很稳定，这样容易引起一定的腐蚀作用，浸泡时应用温热的自来水为宜，这样能利于软化里面的残渣，清理起来也比较方便。
如果想金刚菩提快速的变红，也是可以将其适当的用盐水浸泡，由于金刚菩提本身是一种植物的种子，天然的金刚菩提中含有一种花青素，当遇到酸性的物质时就会变红，一般是不采用这样做，否则就丧失了盘玩的意义。
若是将金刚菩提泡水清洗的时候，最好清洗完后要用纸巾将其擦干，或者放在干毛巾上反复的揉搓，之后放在阴凉处晾干，但不能直接放在阳光底下暴晒，还要避免风吹，否则容易导致表面出现开裂的现象。