生化危机的起源是：二十世纪六十年代， 人们在埃及发现一种特殊的病毒 ，由美国派特殊部门研究 ，后来分裂出了安布雷拉这个地下研究部门， 后来为了实验 ，进行了测式， 最终未能控制 ，爆发生化危机。
安布雷拉公司的老巢，蜂巢的巨大地下遗传研究中心时暗藏着某种可怕的事情，在这里聚集着神秘的生物工程学家。
一种致命的病毒爆发了，并快速地传播着。
红后一台控制和监视着整个蜂巢的超级巨型计算机把整个中心都封闭了起来，甚至包括很小的漏洞，杀死了所有被困在里边的工作人员。
艾丽斯和她的特遣队有3个小时来完成他们的任务，否则这些僵尸们将泛滥成灾，对整个地球构成威胁。
其间，爱丽丝的记忆不断闪回，事实的真相也不断揭开。