生物进化的实质是基因频率的定向改变。
自然选择是唯一持续导致适应性进化的机制，根据表现型在不同环境里的适应性，它通过三种不同模式改变可遗传性状在种群里的基因频率：
1. 定向选择，当一种极端的表现型更适应环境时，种群的基因频率向特定方向移动
2. 淘汰选择，当表现型的两个极端都适应环境，而过渡型不适应时，基因频率同时分别向两个方向移动
3. 稳定型选择，与2相反，不选择表现型的两种极端而更偏向过渡型，此模式减少变种而保持某一特定性状的稳定性。
由此，生物进化的过程为从变异产生到自然选择，再到基因频率定向改变，生物进化。