淋巴细胞对抗原的反应叫做免疫应答。免疫应答的过程包括淋巴细胞对抗原物质的识别、反应、效应等三个阶段，最终导致淋巴细胞产生抗体或淋巴因子，借此清除抗原。
抗原是怎样引起和如何进行免疫应答的是一个应该说明的问题。引起免疫应答的大多数抗原是外源性抗原，如微生物、植物花粉、药物、环境污染物等。它们一般是大分子物质，分子量越大，抗原性就越强，免疫应答也就越加显著。从化学成分看，它们通常都是分子量在1万以上的天然蛋白质、核蛋白及糖蛋白等。这些抗原物质经过皮肤、消化道或呼吸道进入人体后，一般都侵入附近的淋巴组织，随后又通过淋巴管被输送到淋巴结，淋巴结则是进行免疫应答的地方。例如，脚部皮肤被细菌感染时，病菌可沿附近的淋巴管到达腹股沟部的淋巴结，在那里发生免疫应答引起淋巴结肿大。如果抗原进入血液并随血流到达脾脏，脾脏也是进行免疫应答的器官。抗原进入淋巴结或者进入脾脏，只要与淋巴细胞接触，它们的“非己”面貌就可以被识别出来。