1. 定义不同：扶贫房是为帮助贫困地区和贫困户开发经济、发展生产，最终摆脱贫困的一种房屋，旨在扶助贫困户或者贫困地区发展生产，改变穷困面貌。公租房是解决新就业职工等夹心层群体住房困难的一个产品，由政府投资或者政府提供政策支持的其他投资主体，属于政府或公共机构所有的，通过限定的户型面积、供应对象和租金标准，面向无房的大学毕业生、引进人才及其他住房困难群体出租的住房。
2. 表现形式不同：扶贫房是政府帮助贫困户所提供的福利性住宅，扶贫房只能居住不能买卖，扶贫是保护贫困户的合法权益，取消贫困负担。公租房一般是政府出资建房然后低租金租给租户，在租赁的5年期满后，符合条件的承租人可以按照以综合造价为基准确定的价格来购买，但是购买后不得出租、转让和赠予等市场交易。
3. 申请对象不同：扶贫房申请家庭必须为农村分散供养五保户、贫困残疾人家庭或低保户家庭，并且还需为经农村危房调查统计在册的危房户。公租房的申请对象是城镇中等偏下收入住房困难家庭、新进就业无房职工和在城镇稳定就业的外来务工人员出租的保障性住房。