文玩桃核应使用白手套、硬毛牙刷、牙签、钩针、木刻刀、棉签、纸巾等工具逐步清理。按照刷、挑、晾干的步骤细心清理。具体的步骤如下：
1. 带上白手套，使用硬毛牙刷沾水，刷洗核桃表面及纹理深度。这一步可清除一些污垢。
2. 纹理深度不易被刷到的地方，使用牙签清理。（操作前需把牙签头弄钝了。）
3. 使用牙签清理时无法触及到的地方，配合着钩针一起作业。（使用钩针时要小心翼翼的，避免损伤核桃）
4. 某些核桃，底部要去筋的，需在清理环节完成。具体步骤：牙刷沾水弄湿核桃底部，使用木刻刀，根据核桃的边棱纹理走势，一点点的剔除筋。（此步骤不是必须的，因个人喜好，因核桃品种而定。）
5. 使用棉签擦拭纹理深度的水分。
6. 使用纸巾把核桃包裹起来，放置在阴凉干燥处，自然阴干，待核桃表面水分干透，取下纸巾，继续阴干，直到彻底干透为止，才能上手把玩。（不能在太阳下直晒，不能通风或吹空调，避免核桃开裂。）