生理性黄疸：婴儿之所以会出现黄疸，是因为婴儿出生后，与母亲脱离了联系，一切新陈代谢产物需由自己处理。红细胞破坏后产生的胆红素要经过肝脏转化，才能从体内排泄出去。而这时新生儿的肝脏处理胆红素的能力是很弱的。胆红素就不能从正常的渠道排泄到体外，多余的没有经过肝脏处理的间接胆红素蓄积在体内。到了一定的程度，婴儿就表现出黄疸。随着宝宝肝脏功能的逐渐成熟，新生儿黄疸会逐渐消退。一般在一周到半个月的时间内，黄疸就会退尽。
病理性黄疸：临床上以尿道感染、发烧为最常见的病因，其它则包括：败血症、胆道闭塞、新生儿肝炎、甲状腺功能低下、先天溶血性疾病和先天代谢异常等，其中又以胆道闭锁最为严重，需要尽快治疗。