汽车启停功能的的确确能够有效降低汽车10%左右的能耗，但是启停系统使用不得当也会造成车辆不同程度的损耗。
当启停的的车辆在发动机熄火时，空调并不制冷，但是由于空调温度的设定，温度感应器检测到设定温度与实际温度相差较大，发动机便会自动启动，而这样的频繁启动不但会对驾驶体验带来不舒适的感觉也会给空调压缩机带来负担。
涉水必须关闭启停系统，车辆一但处于涉水驾驶状态，我们就必须关闭启停系统，如遇到车辆熄火不关闭启停系统会导致车辆再次启动，导致发动机进水报废，因此原因导致的损毁，保险公司不会进行理赔。
斜坡停车时关闭启停系统，斜坡停车时，车辆如果未关闭启停系统，在斜坡多次熄火启动很容易造成车辆后溜，导致与其他车辆或与障碍物碰撞，造成车辆的损坏。