1. 没有产权证和土地证：在同一个城市，相对来说小产权房的总价较低，通常在商品房的三分之一作用，因此许多人会较为青睐小产权房。虽然小产权房总价较低，可用于实际居住，但它是没有产权证、土地证的，若是日后想出售房屋、抵押、贷款等，都是无法进行的。即使小产权房有乡镇发的证件，这个证件是不被法律认可的。
2. 无法上市交易：由于这种房屋是没有产权证的，因此这种房屋不可在市场上出售、转让，不能办理过户手续，更不能作为遗产继承。另外这种房屋也是不能办理落户的，这对孩子就学、就医等有一定影响。
3. 拆迁赔偿少：由于这类房屋没有产权证，若是遇上房屋拆迁，那这类房屋的拆迁赔偿就较少，业主只能得到少部分，或无法得到相应的补偿。