生物发酵工艺流程图包括以下几个部分:上游过程、发酵过程以及下游过程。1. 上游过程:菌种的选育、培养基配方优化和培养条件优化;菌种的制备。2. 发酵过程:发酵过程的控制与优化,污染的防控。3. 下游过程:产物的分离纯化;三废处理。