办理境外投资许可证，首先需先在商务部系统提交相应的公司信息，并提交相关资料，然后递交至经贸委窗口，等审核通过后领取证书。
《境外投资管理办法》第九条规定，对属于备案情形的境外投资，中央企业报商务部备案;地方企业报所在地省级商务主管部门备案。中央企业和地方企业通过"管理系统"按要求填写并打印《境外投资备案表》加盖印章后，连同企业营业执照复印件分别报商务部或省级商务主管部门备案。《备案表》填写如实、完整、符合法定形式，且企业在《备案表》中声明其境外投资无本办法第四条所列情形的，商务部或省级商务主管部门应当自收到《备案表》之日起3个工作日内予以备案并颁发《证书》。