农村土地使用证分户的流程是:1. 由单位申请按政策办理土地分户,即每户要办理划拨土地使用证。2. 然后每一户各自再按政策补办土地出让手续,办理出让土地使用证,这样才能贷款。3. 建议协议分配土地,后拿协议书去土管局办理分户手续。