灰指甲的最初症状可能只是指甲颜色或质地发生变化，例如指甲上出现一些白色污迹或发黄、灰褐色和暗沉。继续发展可能会在指甲下形成角蛋白，并且指甲变厚。当指甲再次发育时，它们与甲床分离，指甲是空的。指甲的远端被真菌侵入后，会变脆，容易折断，指甲就会受损。最严重的是整个指甲都会被侵犯。
早期症状可能是非常无意的、非典型的，并且很容易与其他指甲疾病相混淆。如果不能自行判断，必须找专业的医生咨询。如有必要，可进行真菌镜检或培养，以确定是否为灰指甲的早期表现。因为点状白指甲、指甲营养不良或甲下充血与早期灰指甲相似，很多朋友误认为是灰指甲。因此，非典型症状应由专业医生判断和检查。